Elle fait partie de l'archipel de Zanzibar, à 40 km au nord de l'île principale de Zanzibar (Unguja). L'île de Pemba est légèrement plus petite et beaucoup plus rurale que Zanzibar, plus populaire, sur l'île principale. Alors que Zanzibar est relativement plat, le terrain de Pemba est vallonné et à la végétation luxuriante, tandis qu'une grande partie de la côte est bordée de mangroves et de lagons, entrecoupés de plages et d'îlots idylliques, ce qui nécessite un peu de chasse pour en profiter au mieux.




